绘制GO分析的柱状图和KEGG的通路图
更新日期:2022-06-01     浏览次数:165
核心提示:1.2.4 GO功能富集与KEGG通路富集分析使用R(version3.6.1)软件的org.Hs.eg.db软件包将基因symbols转变为entrezID,利用ClusterProfiler[5]软件包,对

1.2.4 GO功能富集与KEGG通路富集分析

使用R(version3.6.1)软件的org.Hs.eg.db软件包将基因symbols转变为entrezID,利用ClusterProfiler[5]软件包,对交集靶点进行GO信息注释和KEGG信号通路分析,绘制GO分析的柱状图和KEGG的通路图。

1.2.5 中药-成分-靶点-通路构建

将整理好的玉屏风散-成分-靶点-通路-疾病的数据以Excel格式导入Cytoscope3.7.2软件中,得到药物-成分-靶点-通路-疾病相互作用网络。

1.2.6 分子对接

药物-成分-靶点-通路-疾病相互作用网络中选择度值(degree)前3的化合物MOL000098-槲皮素,MOL000422-山萘酚,MOL000173-汉黄芩素,PPI网络中筛选出BC、CC、Degree三者的数值均大于平均数的关键靶蛋白前3的核心靶点IL6、PPARG、VEGFA进行分子对接,验证其相互作用活性,具体方法步骤如下:

(1)小分子预处理:从PubChem数据库下载3D结构的SDF格式的小分子,然后导入Openbabel输出为PDB格式,导入AutodockTools(v1.5.7)加氢、计算电荷、分配电荷、选择为配体、设置可旋转键后保存为pdbqt格式。