目前，“职普融合”办学模式尚处于探索和试点阶段，在诸多领域仍然面临着挑战，需要逐步给予分析和解决。第一，职普分离，各行其道。职业学校呈现以单一的就业为目标的教育特征，使社会对于职业学校的知信度不高，导致招生面临较大困难，加之部分学校及家长重“普教”轻“职教”的倾向，使“职普融合”办学模式推行举步维艰，难以受到各方的认可和支持。第二，取向模糊，主次颠倒。由于“职普融合”办学属于新生模式，在趋势和取向上存在模糊，并且目前采取的“升学兼顾就业”的培养方案，仅属于一种权宜之计，而本质上难以真正达到“升学”或“就业”的平衡，导致主次颠倒，方向不明，使“职普融合”面临局限。第三，体系割裂，模式单一。基于宏观的视角，中等教育仍属于基础教育范畴，而并非是“终结教育”，尤其面对个性化、多元化的选择需求，其培育的目标也应遵循多元化原则，既不应是单一的大众化教育，也不应是单一的精英教育，而应是面向大众教育和精英教育的基础教育，否则势必会导致偏离了教育的本原。